Il caffè biologico nella sua coltivazione e lavorazione ricorre solo a sostanze di origine organica e non prevede utilizzo di prodotti chimici di sintesi.
Il caffè biologico è coltivato, senza disboscare o togliere fogliame per ottenere più chicchi di caffè. A renderlo resistente, ci pensano i concimi naturali e a difenderlo dagli insetti nocivi, sono altri insetti e sostanze vegetali.